По команде make world были переустановлены все программы
Да, так и должно быть; как говорит название этой команды, make world выполняет построение всех системных файлов с нуля, так что в итоге можете быть уверены, что получите чистую рабочую систему (вот почему это занимает столько времени).
Если в момент запуска команд make world или make install определена переменная окружения DESTDIR, то вновь создаваемые файлы будут помещены в дерево каталогов. идентичное существующему, с корнем, располагающимся в ${DESTDIR}. Однако некоторые случайные комбинации модификаций совместно используемых библиотек и версий компилируемых программ при исполнении команды make world, могут этому помешать.
