Есть ли ограничения на разбиение диска?
Да. Вы должны убедиться, что корневой раздел находится до 1024 дорожки, так чтобы BIOS могла загрузить с него ядро. (Заметьте, что это ограничение BIOS компьютера, а не FreeBSD).
Для диска SCSI, это, как правило, будет означать, что корневой раздел располагается в первых 1024Мб (или в первых 4096Мб, если включен режим расширенной трансляции - посмотрите предыдущий вопрос). Для дисков IDE соответствующее значение равно 504Мб.